本发明提供了一种动态相位切换系统，包括时钟域同步单元、移位寄存单元、延时单元、切换单元、反相单元和输出单元；所述切换单元根据所述当前时钟相位信号确定相位移动时要避免产生毛刺的时机，即所述切换单元产生所述辅助时钟信号，所述输出单元根据所述移位寄存单元输出的所述切换使能信号产生输出给所述数字电路的所述无毛刺时钟相位信号后，所述切换单元根据移相后的所述无毛刺时钟相位信号确定下一次需要移相的切换时机，即根据移相以后的所述当前时钟相位信号确定输出的所述辅助时钟信号，以避免同一频率时钟在不同相位之间切换时容易产生毛刺的问题。本发明还提供了使用所述动态相位切换系统的动态相位切换方法。