本公开提供了一种针对中值滤波平顶畸变的相量计算补偿方法及系统，接收采样信号，对信号进行中值滤波，确定中值滤波窗口长度；检测平顶畸变，并判断平顶部分是否存在异常的随机脉冲噪声，并对采样信号进行修正，以修正后的采样信号为更新后的中值滤波数据序列；计算各点的相量与补偿幅值，对更新后的中值滤波数据序列进行补偿。本发明能够根据中值滤波窗口长度、周期信号频率快速计算出相量补偿系数，极大地提高了中值滤波后相量计算结果精度。