本发明涉及数据采集技术领域，公开了一种多通道同步采集不同采样频率数据的方法、装置及系统。通过先周期性地以最高采样频率同步采集来自各个测点的不同数据，然后针对同一采集周期内采集的不同数据，根据一一对应的采样频率设置参数依次进行数字滤波处理和抽样处理，得到符合对应采样频率要求的数据片段，由此可以实现同一测点/多测点的不同采样频率波形数据的同步采样目的，尤其适用于不同数据类型的波形数据的同步采集场景，同时由于无需使用一个可编程的低通模拟滤波器来实现抗混叠滤波，可以大大降低硬件成本，便于实际推广和应用。