本发明提供原子振荡器、频率信号生成系统以及磁场控制方法，该原子振荡器包含：光源，其射出光；原子室，其容纳碱金属原子，从所述光源射出的光入射到该原子室；第1线圈，其对所述原子室施加磁场；第1屏蔽体，其容纳所述原子室和所述第1线圈，对磁场进行屏蔽；第2屏蔽体，其包含第1部件和第2部件，该第1部件具有凹部，该第2屏蔽体在由所述第1部件和所述第2部件形成的空间中容纳所述光源和所述第1屏蔽体，对磁场进行屏蔽；以及第2线圈，其产生穿过所述凹部的开口的磁场。