本发明公开了一种基于星历修正的捕获段深空探测器自主天文导航方法，首先建立目标天体星历误差状态模型和量测模型，并根据预测与实际天体图像的位置差获取星历误差量测量；其次将星历误差状态模型和轨道动力学模型联立作为天文导航系统状态模型，并将星历误差量测模型和星光角距量测模型作为天文导航系统的量测模型，采用Unscented卡尔曼滤波方法，估计探测器位置、速度和目标天体星历误差，并将所估计的星历误差反馈至状态模型中，修正目标天体星历数据，获得自主校正星历误差后的相对于目标天体和相对于日心的探测器位置和速度。本发明属于航天导航技术领域，可在线估计天体星历误差，修正导航系统的模型误差，适用于探测器捕获段。