本发明公开一种保障PLL输出时钟的补偿装置，属于补偿电路技术领域。所述保障PLL输出时钟的补偿装置包括输入时钟缺失检测电路、多路选择器、锁相环PLL电路和时钟发生器。所述输入时钟缺失检测电路用于检测输入时钟PLLCLKIN而输出检测选择控制PLLSEL信号；所述多路选择器依据所述PLLSEL信号选择不同的时钟源输出至PLLCLKOUT；所述锁相环PLL电路提供输入时钟非缺失状态下的倍频输出时钟PLLVCO至所述多路选择器；所述时钟发生器提供输入时钟缺失状态下的输出补偿时钟PLLMISCLK。