本发明涉及一种高精度卫星导航信号间相对时延控制方法，包括步骤如下：根据两路卫星导航信号生成的时钟频率，确定初步调整阈值；在这两个时钟频率下生成两路伪随机码，根据伪随机码时延差测量结果，通过调整启动信号对生成的伪随机码进行延迟控制；根据调整后时延差测量结果，计算滤波冲激响应以及时延精细调整所需冲激响应参数；将所述滤波冲激响应参数与第一路卫星导航信号卷积，将所述时延精细调整所需冲激响应参数与第二路卫星导航信号卷积；再对所述两路卫星导航信号进行数模转换，即生成所述相对时延精细调整的卫星导航信号。