本发明提供一种航天器总装安全性评价系统，其包括控制组件、总装指标获取组件和总装安全性评价组件，其中总装指标获取组件和总装安全性评价组件分别与控制组件通讯连接。总装指标获取组件包括数据处理单元、人员指标获取单元、设备指标获取单元、环境指标获取单元、操作类型指标获取单元、操作对象指标获取单元和应急措施指标获取单元。本发明还提供一种航天器总装安全性评价方法，其利用灰色模糊综合评价体系对航天器总装的安全性进行评价，将各个总装要素纳入总装安全性评价体系，最大限度的降低总装事故的风险，并且能够对每个单元进行安全性评价，当安全性评价不能达到预设阈值时报警单元会进行报警，便于操作人员对总装中的指标进行设定和修改。