本发明涉及一种用于修正有源振荡器频率的方法及其系统；其中，修正有源振荡器频率的方法，包括以下步骤：S1，基于目标频率，选取修正初始值和修正终止值，并配置到对应寄存器中；S2，根据基准晶振时钟频率f，设置修正标示采样周期数M；S3，配置等待自由振荡有源振荡器晶振稳定的时钟周期数L，在L/f时长之后，开始计数；S4，当计数器计数值累加到预设值时，完成一次计数，输出采样标示信号；S5，判断采样标示信号的值是高还是低；S6，反馈修正成功信号，并将此时的修正值输出；S7，将修正值加1并返回至S3。本发明将不精确的高频有源振荡器晶振，修正调制到目标频率，降低了移动存储芯片的时钟模块成本，节约了封装成本。