本发明公开了一种微波功放管控制保护系统，包括配电盒、主控盒和多个控制保护盒；配电盒的输出端连接主控盒和各控制保护盒，主控盒与各控制保护盒之间通过总线连接通信，每个控制保护盒连接多个微波功放管；每个微波功放管与控制保护盒之间为独立的通道；配电盒提供系统供电和功放供电，主控盒分时依次接收各控制保护盒采集的各微波功放管的状态信息，依据状态信息发送控制信号至相应的控制保护盒以控制其与微波功放管之间通道的通断。本发明的系统对控制保护盒的控制保护功能精确到每个通道，可靠性高。