本发明适用于招投标技术领域，公开了一种招投标过程中的文件处理方法、系统及终端设备，包括：创建压缩包文件；获取若干待处理文件，将每个待处理文件的原始文件数据分割成多个片段；将每个待处理文件的多个片段分别进行压缩处理得到多个压缩后的片段，并按照随机顺序将多个压缩后的片段存储在文件数据区域；将每个片段所属的待处理文件的标识、原始位置与存储位置的对应关系保存在头部结构区域，原始位置为每个片段在该片段所属的待处理文件中的原始位置，存储位置为每个片段对应的压缩后的片段在文件数据区域的存储位置；将压缩包文件进行加密处理，完成对若干待处理文件的处理。本发明能提高文件的安全性和保密性。