本发明公开了一种应用于AD采集中的复合式软件滤波方法及系统，包括：取最新连续实测值N项进行排序，选用“折半插入排序”算法得到一组按设定顺序排列的数列；采用中值平均滤波算法对得到的数列进行处理；得到M项预处理值；将得到的预处理值按时序进行存储，得到一组包含M个预处理值的数列；采用改进的滑动平均滤波法对每个周期下的M个数据分别进行滤波，得到一组新的数列；对新数列进行数据平滑处理。本发明有益效果：能够抑制外界干扰导致的采集信号的异常波动性，尽可能的避免外界信号的干扰，减小采集数据的误差，提高系统的稳定性。