本发明实施例公开了一种晶振频率驯服方法、装置、电子设备及存储介质，该方法包括：接收导航授时定位系统输出的脉冲信号；在当前阶段，按照当前阶段的压控调整周期及调整次数，根据脉冲信号计算当前压控调整周期内晶振的频率偏差值，并根据频率偏差值调整晶振的控制电压，完成当前次调整，直到满足当前阶段的停止条件，进入下一阶段；若晶振的频率偏差值满足最后一个阶段的偏差阈值范围，完成驯服，使得晶振输出频率符合标准频率值；每个阶段的压控调整周期不同。本发明实施例分多个阶段来进行晶振频率的分层次驯服，更能保证驯服的准确可靠，使晶振内部产生高精度的ns级基准，具备高精度授时，提高了守时精度，增强了时间系统稳定性和可靠性。