本发明公开了一种用于时间交替采样的时间误差自适应消除方法，对于M个通道的采样信号，首先将第1个通道的本周期和下一周期的信号作为参考信号构成参考信号集合，对第M/2通道的采样信号进行时间误差自适应校正，然后将校正后的第M/2通道的采样信号加入参考信号集合，再对其他采样信号进行校正，如此循环，直到所有采样信号均完成校正。本发明针对多通道采样信号之间的时间失配误差，采用时间误差自适应校正来动态消除时间误差，有助于信号的准确还原。