本发明提供了一种时钟分发系统及方法，其中，该系统包括：时钟源，用于提供时钟信号；至少一个述第一时钟缓冲芯片，与时钟源连接，用于将时钟信号扇出多个相互独立的第一同步输出信号输入至第二时钟缓冲芯片；至少两个第二时钟缓冲芯片，用于将第一同步输出信号扇出多个相互独立的第二同步输出信号；偏移测量单元，用于获取各第二时钟缓冲芯片所输出的第二同步输出信号的时钟相位，并确定出获取到的各时钟相位的差异值；处理器，与偏移测量单元连接，用于根据差异值对时间数字转换器所检测到与各时钟相位对应的光子到达时间进行调整。本技术方案，能够有效不同时钟缓冲器之间产生的时钟偏斜，减小时钟分配系统的输出误差。