本申请公开了一种数字锁相放大器相位同步方法及系统，方法包括：相位调节模块获取调节使能信号，基于调节使能信号进入调节模式；相位调节模块获取当前低通滤波器输出的第一测量结果，并将第一相位信号调整为第二相位信号；正弦信号发生器基于第二相位信号生成第一正弦信号；乘法器将相位调节模块控制多路选择器将延迟单元输出的信号和第一正弦信号相乘；低通滤波器滤除乘法器输出的延迟单元输出的信号和第一正弦信号相乘的结果中的高频，输出第二测量结果；相位调节模块在预设时长后，记录低通滤波器输出的第二测量结果，并更新相位调节值。本申请能够有效的实现数字锁相放大器的相位同步，且降低资源消耗。