本发明公开了一种基于空间矢量调制的高速永磁电机谐波电流补偿系统，所述系统包括：转子位置速度观测模块，定子相电流谐波补偿模块，相电流反馈模块，转速PI调节模块，电流PI调节模块，SVPWM变换输出模块；其中，定子相电流谐波补偿模块包括：谐波电流提取模块，通过自适应带通滤波器实时提取永磁同步电机相电流谐波；比例调节器，将谐波电流调节后反馈至电流环；谐波电流调节模块和谐波电压补偿量计算模块，基于高速永磁电机数学模型，计算谐波电压补偿量，并反馈至电压环。该系统能够准确计算电压补偿量并进行实时补偿，有效改善永磁同步电机运行中的相电流波形，降低转矩和转速脉动，进而提高电机运行效率、平稳性以及可靠性。