本申请提供一种时钟相位检测系统，包括用于接收第一时钟信号，对第一时钟信号进行采样的第一采样单元、用于接收第二时钟信号，对第二时钟信号进行采样的第二采样单元、同时与第一采样单元和第二采样单元连接，用于依据第一采样单元发送的第一采样信息和第二采样单元发送的第二采样信息，得到第一时钟信号与第二时钟信号的相位差的鉴相器、分别与鉴相器、第一采样单元、第二采样单元连接，用于依据鉴相器输出的相位差，发送第三时钟信号至第一采样单元和第二采样单元，以使得第一采样单元和第二采样单元将所述第三时钟信号的频率作为采样频率进行工作的采样控制单元。本申请能够获得高精度的时钟相位差数值。