公开一种多通道机载微秒脉冲等离子体流动控制电源，包括高压模块和控制模块，其中高压模块由第一机载电池直流逆变模块、倍压充电模块、通道选择模块和脉冲形成模块组成，控制模块由遥控器、接收天线、接收机、第一至第N光纤隔离板、第一至第N信号输出端和第二机载电池等部分组成。该电源具有多个输出通道，能独立工作，多通道的组合使用能够实现无人机等离子体流动控制抑制分离、推迟失速以及滚转力矩控制等多种功能。本发明的电源还具有体积小、重量轻的特点，能通过遥控器进行远程控制。