本发明公开了一种电离层闪烁下航空导航性能预测的方法，所述方法适用于电离层闪烁下，航空飞行过程中，导航性能由导航误差、导航完好性和可用性等参数来描述，导航性能预测结果由航空导航终端计算。通过建立电离层闪烁参数与导航接收机的跟踪环路之间的映射关系，来分析闪烁环境下的导航测距误差和平均失锁时间，计算导航失锁频度。根据航空用户轨迹和飞行运行需求，对导航精度、自主完好性及可用性进行评估。本方法的优势为可在电离层闪烁时任意场景和设定参数下，提供准确的航空导航性能参数计算及预测结果，以确保航空导航的有效性和安全性，该方法同样可用于评估各种航空导航终端受电离层闪烁的影响程度，为高性能航空导航终端的研制提供理论和实证依据。