本发明提供了一种薄膜体声波谐振器结构的制造方法，包括：提供晶圆衬底；在晶圆衬底上形成布拉格反射层；在布拉格反射层上依次形成下电极层、压电层以及上电极层三层薄膜以在晶圆衬底上形成多个薄膜体声波谐振器单元，其中，所述下电极层、所述压电层、所述上电极层中的两层薄膜在晶圆衬底上的厚度按照第一变化趋势分布、另一层薄膜在晶圆衬底上的厚度按照第二变化趋势分布，第一变化趋势与第二变化趋势相反。实施本发明可以有效地减小薄膜体声波谐振器单元在整片晶圆衬底上的频率分布范围。相应地，本发明还提供了一种薄膜体声波谐振器结构以及薄膜体声波滤波器。