本发明提供一种基于单晶压电薄膜的声波谐振器及其制备方法，包括：1）提供单晶压电衬底；2）自注入面向单晶压电衬底内进行离子注入后于注入面形成图形化下电极，或在注入面形成均匀下电极，自均匀下电极面向单晶压电衬底内进行离子注入后将均匀下电极图形化形成图形化下电极；3）在图形化下电极面形成预设厚度的第一低声阻材料层；4）提供表面设有预设厚度的第二低声阻材料层的支撑衬底，将步骤3）得到的结构与支撑衬底键合；5）沿缺陷层剥离部分单晶压电衬底，以得到单晶压电薄膜；6）在单晶压电薄膜远离支撑衬底的表面形成图形化上电极。本发明避免了空气腔谐振结构，机械性能稳定，保持极大的机电耦合系数，可以提高滤波器的工作带宽。