本发明涉及一种基于同步旋转坐标变换的磁悬浮飞轮振动力矩抑制方法，属于磁悬浮飞轮振动抑制领域。建立磁悬浮飞轮动力学模型，基于此模型建立不平衡力和不平衡力矩模型，利用复系数重构控制系统以简化系统结构和降低阶数，通过建立静止坐标系和旋转坐标系引入同步旋转坐标变换，利用同步旋转坐标变换辨识振动力矩中的同频分量，将辨识得到的同频分量作为控制器的输入以抑制同频振动力矩。本发明的一种基于同步旋转坐标变换的磁悬浮飞轮振动力矩抑制方法，采用基于同步旋转坐标变换算法，对磁悬浮转子质量不平衡产生的振动力矩进行抑制，实现在全转速范围内且保证系统稳定的条件下能有效抑制振动力矩的控制效果。