射电观测阵列系统，包括多个观测站和中心处理站，各个观测站均与中心处理站进行数据通信，中心处理站采用铷钟和/或恒温晶振输出时钟频率信号；观测站包采用恒温晶振输出频率信号；中心处理站时钟频率信号输出单元与各观测站连接；各观测站的时钟频率信号输出单元均与中心处理站连接；所述观测站进一步包括用于计算中心处理站时钟频率信号到观测站并从观测站返回至中心处理站时间的时间延时计算单元，以及用于对时间延时进行补偿的时间补偿单元。根据延时进行时间频率信号的修正。本发明采用铷钟和恒温晶振作为时钟频率源，只需要在中心处理站配置铷钟即可，不用每个观测站都配备一个，较现有技术中采用氢钟的方案相比，成本大幅降低。