本发明公开了一种基于截断幂的稀疏基因表达数据分析方法，具体包括：对基因数据集进行预处理，包括正则化处理、利用主成分分析法确定主成分个数和结合局部迭代搜索确定主成分的基数；对经过步骤一处理的基因数据集中的基因数据进行特征提取，减少数据的干扰性并提高后续过程聚类的准确性；对数据特征被提取的基因数据进行聚类方法处理；将步骤三得到的聚类处理结果与设定的聚类精确率进行比对，并反馈调节稀疏降维的调优参数以达到最佳聚类精度。本发明解决了稀疏特征值分解问题，用于稀疏主成分分析不仅主成分的解释能力强且其运行速度快，可以很好验证稀疏主成分方法，提高了基因数据分析的高效性和精确性。