本发明公开了一种数字BPM采样数据多通道相位自动校正的方法及系统。本方法为：信号发生器产生的正弦波信号经功分器产生N路采样信号，分别经一传输线缆发送到AFE，时钟信号经PLL锁相后分出N路时钟信号分别通过一延时器件移相后发送至对应采样端，触发采样操作，并将采样数据发送给FPGA；FPGA控制延时器件和采样器件对每路的时钟信号进行1/4周期内的分步移相、扫描采样操作，并对每通道、每采样点位置采样数据做积分处理；若信号中所有信号在同一采样时刻最大相位差均不大于信号的1/4周期，则系统根据扫描采样结果计算出相位差，并调整不同通道时钟相位，使每通道在该设置时钟相位处采样积分值基本相等。