本发明公开了一种双极性高压脉冲电源的控制系统及方法，本发明通过高压正脉冲产生电路和高压负脉冲产生电路中的控制模块来控制固体开关组模块中的开关时序，得到正/负脉冲上升时间和下降时间、一个周期内正脉冲和负脉冲之间的时间间隔、正/负脉冲电压、正/负脉冲宽度、脉冲频率和脉冲数可以灵活调节的双极性高压脉冲电源。本发明实现的参数可调双极性脉冲对研究纳秒脉冲放电的机理和应用有非常重要的意义。