一种方波时钟信号高次谐波的EMI抑制电路，包括电阻器、第一电容器、第二电容器、时钟信号输入端口负载及方波时钟信号源，其中，所述的方波时钟信号源的输出端通过电阻器和第一电容器连接地端，所述的第二电容器与电阻器和第一电容器并联，所述的电阻器、第一电容器和第二电容器靠近时钟信号输入端口负载放置。本实用新型可以保证方波信号传输时的信号完整性需求，有效抑制信号上升沿和下降沿振铃的出现。针对上升沿和下降沿时间的调整可以有效降低方波信号高次谐波的能量，在信号源端降低EMI的失效风险，同时又不影响方波时钟信号的相位和幅度，并且电路成本较低，又对EMC辐射等有着很好的抑制效果。