本发明公开了一种光谱编码共焦与光学相干层析协同成像方法与系统，该系统基于光学相干层析(OCT)成像技术与光谱编码共焦显微(SECM)技术的结合，提出的将OCT系统的样品臂与SECM系统的样品臂共用同一光路，使得样品臂中从OCT系统与SECM系统出射的光束对样品同一位置同步进行扫描，并且从样品单次散射返回的光分别经各自的光路传输至探测臂。提出的探测臂采用两个光纤准直镜以不同入射角照射光栅，使光栅衍射出两组无交叠出射的光谱信号，即为SECM和OCT的信号，本发明中的样品臂的光路更加简单，便于实施，光路也更加紧凑、稳定，系统的成像质量高，对生物组织结构成像更加精确。