本发明公开了一种基于FPGA的时间交织模数转换器的校正方法及系统，该方法包括获取偏置误差估计值、增益误差估计值、时间误差估计值；根据时间误差估计值，利用上位机计算时间误差插值滤波参数和时间误差相位调整参数；获取时间交织模数转换器中各个通道的定点采样数据；利用单精度浮点运算对上述数据进行处理得到各个通道的浮点偏置误差估计值、浮点增益误差估计值、浮点时间误差插值滤波参数、浮点时间误差相位调整参数、浮点采样数据；在FPGA内部采用盲均衡误差校正算法对上述浮点数据进行处理确定误差校正后的数据。本方法通过软硬件结合的方式，由上位机估计误差参数，由FPGA实现盲均衡校正算法，校正精度高，可有效抑制雷达宽带杂散。