本发明提供一种锁相环电路、多锁相环系统及其输出相位同步方法，包括：对输出信号进行分频的分频器；基于输出信号对分频信号进行采样得到反馈信号，以确保反馈信号的相位与输出信号的相位保持一致的采样器；鉴别采样器输出的反馈信号及述输入晶振信号的相位差产生脉冲信号的鉴频鉴相器；基于脉冲信号产生调谐电压的电荷泵；基于调谐电压调整输出信号频率的压控振荡器。本发明采用采样方法实现反馈信号与锁相环电路输出信号的相位一致，以此使输出信号与输入晶振信号之间的相位一致性大大提高；同时，在多锁相环系统中确保各锁相环电路的输出信号的相位保持一致，提高系统性能。