本发明公开了一种基于动态锚点的增量压缩的方法及装置，其中，该方法包括如下步骤：根据滚动哈希算法扫描目标数据流和参考数据流，将滚动哈希值相同的目标候选锚点与参考候选锚点标记为一个锚点对；利用锚点对分别将参考数据流及目标数据流分成多个段落；对于没有改动的段落，则记录段落的区间并进行编码处理；对于有改动的段落，则在目标数据流及参考数据流流入匹配模块进行字符串匹配时，根据检测到的锚点对来自动对齐目标窗口或参考窗口；对字符串匹配的结果进行编码处理；以及输出编码数据。本发明的技术方案能够简化计算，提高运算效率；能够节省芯片上的大量内存资源，能够以硬件实现。