本发明公开了一种时钟参考信号的产生方法及系统。该时钟参考信号的产生方法用于粒子加速器中，包括：步骤一、产生参考频率信号；步骤二、将所述参考频率信号进行倍频，得到倍频信号；步骤三、通过锁相环对所述倍频信号进行处理，得到优化信号。参考频率信号通过倍频和锁相环后得到的优化信号的相位噪声低，降低了粒子加速器时钟系统产生的时钟信号的频域噪声，提高了粒子加速器单元之间为束流提供的参考相位的质量，实现了粒子加速器系统对束流的稳定加速控制。