本发明公开了一种低空救援空中交通调度指挥系统及其调度指挥方法，根据初始的航空器和物资分布信息，初始灾情信息，对于空中交通救援飞行计划和物资调度进行规划，获得航空器和物资的总调度方案确定救援总需求，在每个滚动的救援信息更新周期，通过信息熵对灾情信息融合实现短期灾情预测，采用模糊聚类算法建立灾区灾情的优先级划分，以空中交通信息和物资供需信息为约束，建立基于空中交通和物资信息的物资和航空器的调度模型，获取航空器和物资调度方案，本发明将空中交通信息和物资供需信息融入空中交通资源调度的决策中，提高航空救援资源调度的有效性和准确性。