本发明公开了一种基于体式显微镜的跟踪式裸眼3D显示系统及方法，该系统配置在显微镜中，包括至少一个术野采集模块，分别安装在显微镜的镜筒中，用于分别采集目标角度的目标视图，并对目标视图进行处理，得到目标格式图像；追踪模块，设置在裸眼显示装置上，用于追踪并确定目标光源的位置信息，并根据位置信息确定目标位置信息；图像处理模块，设置在裸眼显示装置中，用于对目标格式图像、目标位置信息以及显示装置的交织参数进行处理，得到与目标格式图像相对应的三维视图。本发明实施例的技术方案，实现了将术野采集模块采集到的图像信息进行处理，得到与手术部位相对应的三维视图，以使工作人员根据三维视图对手术部位进行处理，提高了手术的精准性以及便捷性的效果。