本发明实施例公开了一种滤波器及其制备方法、光谱探测系统，所述滤波器包括分布式布拉格反射腔和位于所述分布式布拉格反射腔内的超表面结构；所述分布式布拉格反射腔包括顶层分布式布拉格反射器和底层分布式布拉格反射器，所述超表面结构位于所述顶层分布式布拉格反射器和所示底层分布式布拉格反射器之间；所述超表面结构包括多个滤波区域，每个所述滤波区域包括周期性排布的纳米柱阵列；其中，所述多个滤波区域至少存在两个滤波区域的纳米柱阵列周期不同。采用上述技术方案，采用分布式布拉格反射腔结合超表面结构，同时设置超表面结构至少存在两个滤波区域的纳米柱阵列周期不同，保证可以得到窄带的透射光，保证滤波器滤波效果良好且结构简单。