本发明提供了一种PDMS基双层结构磁响应微透镜阵列制造方法，涉及微透镜阵列制造方法的技术领域。该方法包括：制造PDMS微透镜阵列；在所述PDMS微透镜阵列上旋涂PDMS基磁流变弹性体薄膜，获得PDMS基双层结构磁响应微透镜阵列。该方法制造的PDMS基双层结构磁响应微透镜阵列成型于纯材料PDMS不仅光学透过率高，而且微结构成型质量好，而且，可以通过施加外磁场改变微透镜阵列的焦距，实现磁响应效应。