本申请提供一种光阑装置及基因测序仪，涉及基因测序技术领域。其中，所述光阑装置通过在基板上设置第一固定孔、第二固定孔、第一通孔及第二通孔，在实现遮挡反射光束的同时，提供一定的位置调节范围，从而提高了光阑装置对不同光路的适应性；所述基因测序仪通过采用所述光阑装置对通过毛细管阵列的第一光束和第二光束进行阻挡，从而防止所述第一光束和第二光束在经过毛细管阵列后反向射入激光器，造成激光器损坏或激光束质量降低。