本发明提供一种弹性乘波体高超声速飞行器仿真方法，包括以下步骤：考虑气动加热和变截面惯性矩的影响，建立高超声速飞行器自由梁结构弹性模型；利用“模态叠加法”求解弹性振动方程，求得每个模态的固有频率、阻尼比和固有振型，在此基础上得到乘波体飞行器的弹性振动广义坐标方程；根据给出的乘波体飞行器结构参数，用计算流体学的方法得到飞行器的气动力和发动机推力；在推力、气动力、气动弹性分析的基础上，建立高超声速飞行器刚体?弹性耦合模型。该发明适合对于乘波体飞行器进行建模和仿真。在此基础上建立的乘波体高超声速飞行器模型更加精确，进行模型仿真时更加能够反映出飞行器气动/推进/弹性耦合特性。