本发明公开了一种蜂窝夹芯复合结构材料及其制备方法。该复合材料包括蜂窝基体材料、填充材料及密封层；所述填充材料嵌于所述蜂窝基体材料中；所述密封层位于所述蜂窝基体材料的上下表面。所述填充材料为阻尼材料，具体为粘弹性的高分子流体。与传统的阻尼材料相比，本发明的结构材料成功实现了高强度和高阻尼性能的结合，同时具有制备工艺简单可靠、稳定性好和使用寿命长等优点，满足交通运输及航空、航天等特殊要求领域的需求。