本发明公开了一种基于多角度4Pi显微镜的快速三维体成像系统及方法，其中，系统包括：光照模块，用于通过激光光照获得尺寸覆盖空间光调制器LCOS投影面的平行光照；波前调制模块，用于将LCOS放置在光照端的傅里叶面上，通过投影强度图样对于光照进行波前调制；二维扫描模块，用于控制照明光束在物面上实现二维扫描；光照干涉模块，用于通过光照干涉生成4Pi的点扩散函数PSF，并照射荧光样本；成像模块，用于采集两路荧光信号的干涉图像；控制器，用于控制波前调制模块调整光照的偏振方向，以生成不同倾斜角度4Pi的PSF，且得到多张干涉图像，并根据多张干涉图像获取三维体成像结果。该系统能够实现对于活体样本的快速三维成像。