本发明公开了一种基于飞秒激光光刻技术的光波导隔离器的制作方法，包括以下步骤：S1、将长方体形的磁旋光玻璃块的六个侧面均抛光，备用；S2、将磁旋光玻璃块置于飞秒激光光刻系统中，对磁旋光玻璃块进行加工，以在磁旋光玻璃块中沿其长度方向写入光波导；S3、搭建用于测量磁旋光玻璃中波导的旋光特性的检测装置；S4、将步骤S2中处理完的磁旋光玻璃块的长度方向的两端抛光，使得磁旋光玻璃块中的光波导贯穿磁旋光玻璃块，并在磁旋光玻璃块的光波导的两侧分别设置起偏器和旋转检偏器，磁旋光玻璃块及其两侧的起偏器和旋转检偏器构成光波导隔离器。本发明提供一种制作光波导隔离器的方法。