本发明公开了基于设计版图对硅光芯片进行光耦合测试的方法及系统，该方法包括：读取并解析设计版图，得到用于构建芯片图形的坐标簇数据，驱动左侧光纤对准第一测试点，获取与第一测试点相对应的测试点图形的第一选中信息，驱动右侧光纤对准第二测试点，获取与第二测试点相对应的测试点图形的第二选中信息，获取与目标测试点相对应的测试点图形的第三选中信息，通过测试点图形与测试点的对应关系确定目标测试点的坐标，以驱动左或右侧光纤到达目标测试点，进行光耦合测试；该系统包括上位机、电机控制器、电机、夹持载台及相机等；本发明具有操作简单、耗时短、对用户依赖程度低等优点，能够极大提高硅光芯片光耦合测试的便利性。