本发明提供了一种星上二维指向系统构型设计方法，属于航空卫星技术领域。本发明的构型设计中，设置载荷的质心与转动轴的交点重合，去除载荷和卫星本体连接关节处的驱动电机，使得载荷与卫星本体由自由关节连接，在载荷上安装控制力矩陀螺群，以提供指向控制需要的力矩。本发明的构型设计方法能够降低载荷对卫星本体的扰动，提高卫星本体姿态的稳定度和稳态精度，极大地降低在载荷高速回扫时完成卫星本体姿态稳定所消耗的能量。