本发明公开了一种双波长激光可控输出方法及激光器，所述激光器包括：全反镜、可变损耗调制器、单晶体泵浦模块、双波长偏振片、输出镜、激光电源和调Q电源，其中：所述全反镜、可变损耗调制器、单晶体泵浦模块、双波长偏振片和输出镜构成激光谐振腔，且沿着激光器光路方向依次顺序排列；所述激光电源与所述单晶体泵浦模块连接，用于为所述单晶体泵浦模块提供电源；所述激光电源具有波长选择功能，其与所述调Q电源连接，所述调Q电源与可变损耗调制器连接。本发明方案中采用单晶体泵浦模块，实现了双波长主动可控输出，可以大幅减小激光器体积，有利于提高激光器的便携性。