本发明公开了一种基于三端口变换器的直流分布式供电系统及其控制方法，属于电力电子变换及分布式供电系统领域。该系统包括由N个子直流输入电源组成的直流输入电源(10)和由N个子三端口变换器组成的功率变换单元(20)，N为大于1的自然数，每个子直流输入电源均串接一个子三端口变换器，每个子三端口变换器的输出端均连接至输出端电压母线，每个子三端口变换器的储能端均连接至储能端电压母线。本发明根据储能装置的充放电状态，当储能装置放电时采用储能端均流、当储能装置充电时采用按照各自输入电源功率大小分配输出端功率的混合式功率控制策略，实现系统的稳定、可靠运行。