本发明公开了一种基于微透镜阵列的激光打孔系统，该系统包括激光发射装置、微透镜阵列，其中，微透镜阵列包括至少两组微透镜阵列，分别为微凸透镜阵列和微凹透镜阵列；其中微凸透镜阵列由若干个同样焦距的微凸透镜排列而成，微凹透镜阵列与微凸透镜阵列的排布一致，且微凸透镜和微凹透镜呈一一对应，两者的主光轴在一条线上。同时微凸透镜阵列和微凹透镜阵列的焦平面重合。激光发射装置发射平行激光光束，垂直入射微透镜阵列，依次通过微凸透镜阵列和微凹透镜阵列，形成若干束平行出射光束，作用在铜箔上，进行铜箔的激光打孔。本发明可大幅提升激光打孔的效率，对于多孔铜箔的量产具有重要意义。