本发明提供一种多气隙独立绕组结构的三维磁通永磁直线电机，属电机技术领域，它包括初级组件、次级组件和多个气隙。初级组件包括n个初级单元和电枢绕组，初级单元沿垂直水平方向排列，每个初级单元上极性交错排列的（2m+1）个永磁体组成阵列，每块永磁体的宽度为τ/2（τ为极距），永磁阵列两端设有的环形导磁铁心与永磁阵列形成两个矩形槽，上下两个槽内设有同相位电枢绕组。次级组件由与初级单元在垂直水平方向上交替排列的（n-1）个次级单元组成，次级单元铁心上周期性设置非导磁槽或者隔磁桥，相邻次级单元的非导磁槽沿水平方向错开距离τ/2。电机共有（2n-2）个气隙。该电机采用三维磁路，能有效实现高电磁负荷，具有高推力密度及高可靠的优点。