本实用新型公开了一种转基因水稻的分子显微标记装置，包括：显微镜支撑臂和固定块，固定块与显微镜支撑臂镶嵌连接，固定块中部开设有滑槽，滑槽内活动连接有滑动块，滑动块表面固定有伸缩软管，伸缩软管的另一端固定有标记笔，固定块表面开设有镶嵌槽；标记笔包括上壳体和下壳体，上壳体和下壳体之间设置有连接管且通过连接管连接，上壳体内设置有通孔，下壳体内设置有加热管，加热管表面缠绕有电热丝，且加热管内部填充有低熔点石蜡。本实用新型将低熔点的石蜡融化，并且使用气压来将石蜡输出，并对水稻进行快速标记，需要去除标记时将其刮下即可，操作安全、方便；可以快速的固定在显微镜的支臂上，安装和拆卸较为简单，使用方便。