为解决现有的多模光纤出射光斑聚焦方法在多模光纤出射端不能快速形成批量聚焦光斑的问题，本发明提供了一种基于自适应并行坐标算法的多模光纤出射光斑快速聚焦的方法与系统。方法包括在线散斑采集和离线相位优化；在线散斑采集对空间光调制器的每个调制子区域，在其处于选通状态时，分别采集多模光纤出射端无干涉散斑图像及其与参考子区域处于选通状态时的干涉散斑图像，遍历扫描所有M个调制子区域，获得3(M‑1)+1幅散斑图像。离线相位优化对预设的N个聚焦光斑，使用3(M‑1)+1幅散斑图像上对应聚焦位置的强度信息，依次计算所有聚焦光斑对应的每个测试模态的相位调制状态，组成相位调制掩模，逐个加载在空间光调制器上，实现多模光纤N个出射光斑逐点聚焦。